જૂનાગઢમાં આવેલી આલ્ફા વિદ્યા સંકુલમાં સંચાલન અને હોસ્ટેલની સુવિધાઓને લઈને મોટો વિવાદ ઊભો થયો છે. શાળા અને હોસ્ટેલમાં રહેતા વિદ્યાર્થીઓના વાલીઓ દ્વારા શાળા પ્રશાસન, ટ્રસ્ટીઓ અને સ્ટાફ સામે અનેક ગંભીર આક્ષેપો કરવામાં આવ્યા છે. વાલીઓનો મુખ્ય આરોપ છે કે છેલ્લા બે મહિનામાં શાળાનો સમગ્ર સ્ટાફ અને ટ્રસ્ટીઓ બદલાઈ ગયા બાદ હોસ્ટેલમાં વ્યવસ્થા સંપૂર્ણપણે ખોરવાઈ ગઈ છે.
વાલીઓએ જણાવ્યું હતું કે, હોસ્ટેલમાં રહેતા બાળકોને પ્રાથમિક સુવિધાઓ પણ આપવામાં આવતી નથી. છેલ્લા 15-15 દિવસથી લાઈટ અને પંખા બંધ રહે છે, પરંતુ તેનું સમારકામ કરાવવા માટે કોઈ યોગ્ય ઇલેક્ટ્રિશિયન રાખવામાં આવ્યો નથી. આ ઉપરાંત, રાત્રે 8 વાગ્યા પછી બાળકો માટે પીવાના પાણીના સ્ત્રોત બંધ કરી દેવામાં આવે છે.
વાલીઓએ એવો પણ ગંભીર આરોપ લગાવ્યો છે કે શિક્ષકો અને રેક્ટરો દ્વારા નાના બાળકો સાથે ગેરશબ્દો અને ગાળાગાળીનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. બાળકોને પિલર સાથે અથડાવીને, થપ્પડો મારીને તેમજ લાકડી વડે ઢોર માર મારવામાં આવે છે અને માનસિક રીતે ટોર્ચર કરવામાં આવે છે.